もやしは発芽野菜（スプラウト）の仲間であり、豆から発芽した新芽を収穫して食べる食品です。
原料になる豆は一般的にしっかりと洗浄されてから使用されますが、洗浄しても内部に入り込んだ細菌類が取り切れない可能性があります。こうして残った細菌類が食中毒を引き起こす原因となりうるのです。

もしも豆に細菌が残ってしまった場合、細菌が成長とともに繁殖することが考えられます。細菌やウイルスにも好まれる「暗くてジメジメとした場所」でもやしが育てられるためです。

実際に収穫後のもやしに多くの細菌が残っていたという報告もあります（※1）。
これらの細菌は流水で洗っても取り切れなかったり、付着した水分によってより細菌が増殖してしまったりすることもあるようです。また、海外では実際に生のもやしが原因で集団食中毒が起こった事例もあります（※2）。